Berlatar di Sekolah Kejuruan Meister Senjata Shinigami, ceritanya berpusat pada 3 kelompok yang masing-masing terdiri dari meister senjata dan senjata berwujud manusia. Mencoba untuk mendapat gelar “Death Scythe” yang mana adalah gelar tertinggi bagi seorang senjata dan yang cocok dipakai oleh Shinigami, mereka harus mengumpulkan 99 telur Kishin dan 1 jiwa majo.

Soul eater adalah anime yang menceritakan meister dan senjatanya dan misi mereka adalah untuk mengumpulkan 99 jiwa jahat dan 1 jiwa majo. Jika berhasil, senjata meister akan menjadi Deathschythe, yang mana adalah gelar tertinggi bagi seorang senjata. Maka, Soul Eater, Black Star, Tsubaki, Death the Kid, dan Patty & Liz Thompson adalah karakter Soul Eater yang diceritakan. Selain mengumpulkan jiwa, siswa-siswi dari Shibusen ini melindungi Kota Kematian dari makhluk yang paling kuat sambil bersekolah dan berusaha untuk menjadi lebih kuat.